Como ya hemos dicho en el capítulo 8.5.3 el pluscuamperfecto sirve para describir una acción en el pasado que se realizó antes de otra acción en el pasado, de los detalles ya hemos hablado en el capítulo mencionado.

ejemplos
He had been repairing the car, when another car crashed into the house next door.
Estaba reparando el coche, cuando otro coche se estrelló contra la casa de al lado.
She had been looking into the sky for hours before she noticed that the moon was gone.
Había estado mirando el cielo por horas, cuando se dió cuenta de que la luna desapareció.
He had been working in the garden, then the thunderstorm broke lose.
Estaba trabajando en el jardín, cuando la tormenta estalló.
Before they knew that we had 12 children, they had been planning to stay with us.
Antes de enterarse que tenemos 12 hijos, tuvieron la intención de vivir con nosotros.
You had been calling him 10 times a day until he told you to stop it.
Le lllamabas diez veces cada día, hasta que te dijo que lo dejaras.

La diferencia entre el simple past continuous y el past perfect continuous es bastante sútil. El simple past continuous describe una acción de fondo en la cual está insertada otra acción. El past perfect continuous describe una acción que había comenzado en el pasado, y que duró hasta el momento que otra acción comenzó.

It was raining when I looked out of the window.
=> Llovía antes, seguía lloviendo cuando el miró por la ventana y continuaba a llover después.

It had been raining when I looked out of the window, the ground was wet.
=> Había estado lloviendo antes de que el miró por la ventana, en el momento que mira por la ventana no llueve, ha dejado de llover.