La negación en los tiempos continuos es bastante fácil, porque hay un verbo auxiliar, to be, y por lo tanto la negación se forma una frase negativa negando este verbo.

ejemplo
he was writing a letter he was not (wasn't) writing a letter
she was reading an article she was not (wasn't) reading an article
we were watching TV we were not (weren't) watching TV
they were building a house they were not (weren't) building a house
you were planning a trip you were not (weren't) planning a trip

En el caso de que haya también un verbo modal, es con el verbo modal con el que se forma la negación.
Como ya sabemos, el sentido de los verbos modales puede cambiar en la negación, para los detalles vea
6.2 negación, y por lo tanto se debe construir con una perífrasis, si realmente se quiere mantener el valor semántico.

ejemplos
He could not be doing his homework.
No podía estar haciendo sus tareas (.. porque le vi en el jardín jugando a fútbol)
She might not be reading an article in this moment.
Es muy probable que no estaba leyendo un artículo en este momento (..porque estaba mirando una foto)
They did not have to be watching TV to get the news.
No tenían que estar mirando la tele para enterarse de las noticias. (...porque ya se las estaba contando la vecina)
You did not need to be sleeping all afternoon.
No hace falta que estés durmiendo toda la tarde. (...porque también puedes dormir por la noche)